상수처리 및 폐수처리 시 가장 많이 사용되고 있는 살균법은 염소살균인데, 이때 사용되는 염소 화합물은 염소가스, 차아염소산칼슘, 차아염소산나트륨, 그리고 이산화염소이다. 병원성 세균은 5ppm 이하의 염소로 살균이 가능하다. 상수도에서는 수도꼭지에서 나오는 물의 잔류염소농도가 0.1~0.3ppm 정도로 한다. 염소는 원료물에 함유되는 유기물과 반응하여 발암성 트리할로메탄(THM)물질을 생성하는 것이 알려져 문제가 되고 있다. 염소의 주입에는 습식과 진공식이 있다.